1937年7月卢沟桥事变爆发,平、津先后沦陷。由于时局紧张,很多国立大学在当时国民政府教育部的组织下,纷纷向西北、西南大后方迁移。北平铁道管理学院虽也是国立大学,向以培养工业、交通运输高级技术、管理人才而享誉国内外,但政府当局却无人过问学校的去向。此时,学校专任教师王芳荃义无反顾地带着一部分学生搭乘海轮南下到上海,找上海交通大学校长黎照寰商洽,打算到该校借读。未几,上海抗战全面爆发,国民政府西迁武汉,此时又有一部分学生沿京广铁路南下,齐聚汉口,组成校友会致电上海,敦请王芳荃前往主持复院开课事宜。国难当头,面对莘莘学子的殷切呼唤,王芳荃没有过多思索,横下一条心痛别妻儿,将家眷留在上海,继续带着抵沪学生辗转奔波,避开战场,绕道江北天生港迂回龙窝口,搭乘英商太古公司的客轮,溯江西上抵达汉口。
国民政府教育部在汉口办公,王芳荃等五次往返,递交呈文申请复院开课,历时三月竟无人理睬。1938年3月,陈立夫就任教育部部长,当王芳荃得知他在清华执教时的学生顾毓琇随同陈立夫任职教育部次长时,便亲自去找顾商议复校开学之事。师生见面,顾毓琇深为王芳荃坚守教职、共赴国难的精神所打动,几经周折,后又得到本校1925年毕业校友张冲从中帮助,终于争取到了复学开课的批文,当局同意该校与迁至湘潭的唐山工程学院合并。自此,北平铁道管理学院得以复校,王芳荃任管理系主任。
经过一周的长途跋涉,师生们于12月15日到达柳州,住进了一所中学。期间,学校了解到贵州平越有孔庙,地方比较宽敞,可以用作校舍。平越是汉族与少数民族杂居的一座小山城,位于贵州省中部,距离贵阳市东面不远的群山包围之中。那里交通不便,与外界联系甚少,经济条件甚是艰难。但学校考虑,贵州当时还没有大学,学校迁黔对开展贵州抗日救亡运动和提高当地的教育文化水平,可起到一定的促进作用。学校党组织通过“中华民族解放先锋队”队员在同学中进行工作,学生会通过表决,多数赞成迁黔,最后经学校研究通过,校址选定在贵州省平越县。
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